Die Werraquellen entspringen bei Sigmundsburg und Fehrenbach im Thüringer Wald. Im weiteren Verlauf durchfließt die Werra das Hügelland am südlichen und westlichen Rand des Thüringer Waldes, um dann nach 298 km Fließstrecke in Hessen bei Hannoversch Münden zusammen mit der Fulda die Weser zu bilden.
Das
Einzugsgebiet der Werra und ihrer Nebenflüsse umfasst insgesamt 5496
Quadratkilometer. Die Werra weist besonders im Ober- und Mittellauf noch viele
naturnahe Gewässerstrecken auf. Immerhin sind ca. 20 % des Flusslaufes
den Gewässerstrukturgüteklassen 1-3 (sehr gut bis mäßig
beeinträchtigt) zuzuordnen. Ein Großteil dieser Abschnitte liegt
im Oberlauf des Flusses. Trotz relativ vieler unpassierbarer Querbauwerke
ist die Fisch- und Makrozoobenthosfauna noch in relativ typischer Zusammensetzung
vorzufinden. Besonders die sauberen und strukturreichen Abschnitte der Oberläufe,
die der Forellen- und Äschenregion zuzurechnen sind, bilden wichtige
Reproduktionshabitate für kieslaichende Fischarten. Aufgrund der Vorkommen
von Bachneunauge und Westgroppe wurde die Werra von den Quellen bis zur hessischen
Grenze in Thüringen als FFH-Gebiet ausgewiesen.
Die Werra ist eines der wichtigsten Fließgewässer im Freistaat
Thüringen und im Zuge der Umsetzung der EU-Wasserrahmenrichtlinie als
ein landesweit prioritär zu entwickelndes Gewässer benannt worden.
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